Nella seconda parte del IX secolo le sorti del monastero cominciano a declinare fino al 10 ottobre 881 in cui l’Abbazia di San Vincenzo al Volturno viene distrutta dai saraceni. Ancora oggi ricordiamo i monaci trucidati in quel giorno, i “Martiri Volturnensi”, nella liturgia del 10 ottobre. Alcuni monaci superstiti si rifugiano a Capua e tentano dopo 30 anni dal saccheggio di ripristinare la vita monastica alle rive del Volturno. La comunità ha comunque vita difficile e non riesce a ripristinare l’antica gloria del cenobio. Il monastero svolge comunque un ruolo importante nell’organizzazione del territorio e i monaci danno vita a molti centri abitati nell’Alta Valle del Volturno. Nel XI secolo il monastero viene trasferito sulla riva destra del Volturno per raggiungere una posizione più sicura e difendibile. Lì viene redatto il Chronicon come per riassumere la memoria del celebre cenobio ormai in declino progressivo. Le terre monastiche e il numero dei monaci si riducono sempre di più e nel XV secolo la comunità viene data in commenda.